而至于科學(xué)的研究方法，朱由校也專門寫了一篇文章來闡述。他認(rèn)為，進(jìn)行科學(xué)研究，第一是要認(rèn)識(shí)到問題的存在。例如，在研究物體的運(yùn)動(dòng)時(shí)，首先應(yīng)當(dāng)注意到物體為什么會(huì)像它所發(fā)生的那樣進(jìn)行運(yùn)動(dòng)，亦即物體為什么在某種條件下會(huì)運(yùn)動(dòng)得越來越快加速運(yùn)動(dòng)，而在另一種條件下則會(huì)運(yùn)行得越來越慢減速運(yùn)動(dòng)。

        第二是要把問題的非本質(zhì)方面找出來，加以剔除。例如，一個(gè)物體的味道對(duì)物體的運(yùn)動(dòng)是不起任何作用的。

        第三是要把你能夠找到的、同這個(gè)問題有關(guān)的全部數(shù)據(jù)都收集起來。例如，可以有意地讓一些球從一些斜面上滾下來；這樣做時(shí)，既可以用各種大小不同的球，也可以改變球的表面性質(zhì)或者改變斜面的傾斜度，等等。這種有意設(shè)計(jì)出來的情況就是實(shí)驗(yàn)。

        第四是有了這些收集起來的數(shù)據(jù)，就可以作出某種初步的概括，以便盡可能簡明地對(duì)它們加以說明，亦即用某種簡明扼要的語言或者某種數(shù)學(xué)關(guān)系式來加以概括。這也就是假設(shè)或假說。

        第五是在有了假說以后，你就可以對(duì)你以前未打算進(jìn)行的實(shí)驗(yàn)的結(jié)果作出推測(cè)。下一步，你便可以著手進(jìn)行這些實(shí)驗(yàn)，看看你的假說是否成立。

        第六，如果實(shí)驗(yàn)獲得了預(yù)期的結(jié)果，那么，你的假說便得到了強(qiáng)有力的事實(shí)依據(jù)，并可能成為一種理論，甚至成為一條“自然定律”。

        朱由?？偨Y(jié)了一句話：大膽假設(shè)，小心求證，這就是科學(xué)研究的基本方法。這個(gè)世界有太多我們不懂的知識(shí)，都可以通過科學(xué)的研究方法搞明白。

        朱由校明白，自己的智力最多算得上是中等水平，與大明人相比，多的不過是一些見識(shí)。所以他要把自己強(qiáng)于這個(gè)世代的一點(diǎn)點(diǎn)東西充分地發(fā)揮出來，與大明人的聰明才智結(jié)合起來，讓大明的科學(xué)技術(shù)水平有長足的進(jìn)步。

        他呼吁大家，把精力放在研究自然規(guī)律上，平日里司空見慣的一些事，其實(shí)是有深刻的道理在其中的。格物致知這事，是圣人教導(dǎo)大家探究真理的重要途徑，只要把這世界上的道理都弄明白了，更好地理解這個(gè)世界。等到有一天，點(diǎn)燈不用蠟燭，耕地不用牛馬，就能使大明人過上象三代之治的好日子。

        《大明科學(xué)報(bào)》的目的是讓大家提出奇思妙想，彼此交流自己的研究心得，希望能夠讓大家的想法碰撞而產(chǎn)生新的火花。科學(xué)研究是一個(gè)長期的過程，但交流非常重要。在首期的報(bào)紙上，就登載了伽利略的《水中浮體對(duì)話集》的一部分，并且傳教士答應(yīng)，每次從歐洲來的教士，都會(huì)將最新的書籍帶來大明，與大明的研究工作相印證。

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